提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
(文图:赵筱尘 巫邓炎)
[责编:天天中]
阅读剩余全文()
推荐阅读
大发六合少年不老·冰雪之旅 | 热爱
2024-03-10
大发六合心跳过慢是病,低于50次/分得治
2024-02-22
大发六合小妙招 帮你搞懂地砖种类
2023-08-19
大发六合望岳谈硬核的青春,不需保温杯里泡枸杞
2024-03-24
大发六合窦骁何超莲谈个恋爱,奚梦瑶却发微博辟谣
2024-05-06
大发六合四百万年钟乳石遭恶意破坏 三男子砸断后偷走
2023-12-28
大发六合网易传媒:打造内容消费升级新生态
2024-05-18
大发六合蔚来否认轿车项目叫停:规划开发仍在进行
2024-02-11
大发六合汤神季后赛三分升历史前五
2024-02-11
大发六合飞天网评:北京冬奥会为国际社会树立典范
2023-08-13
大发六合妈妈孕期内化妆 会导致胎儿畸形吗?
2023-08-05
大发六合 印尼官员:总统决定将首都从雅加达迁出 位置待定
2024-06-07
大发六合前11个月国企利润同比增长15.6%
2023-12-24
大发六合用副业赚零花钱9个秘籍
2024-05-18
大发六合《纽约时报》刊登种族歧视漫画 道歉难平众怒(图)
2024-04-05
大发六合孩子说脏话咋办?试试这么做
2024-04-20
大发六合 博格巴回应批评:他们靠说话挣钱 而我为我的球队而战
2023-12-09
大发六合五一小长假小客车高速免费
2023-07-13
大发六合千里共婵娟的苏轼苏辙兄弟
2024-06-05
大发六合蔡徐坤,凭啥圈这么多的粉
2023-12-31
大发六合 海南省发展控股有限公司副总经理焦方被"双开"
2023-09-01
大发六合 华泰人寿2018年净利润增7倍 保险业务收入增两成
2023-10-11
大发六合2018-10-20 期VIP相声有新人郭德纲师叔咆哮吐槽德云社嘉宾:郭德纲 张国立
2023-07-13
大发六合为啥都在夸这没到7分的英超片
2023-11-06
加载更多![](/t2/images/1.gif)
大发六合地图